فاضلاب داروسازی یکی از پیچیده‌ترین و سمی‌ترین فاضلاب‌های صنعتی مطرح می‌باشد. بسیاری از ترکیبات دارویی پس از استفاده، به طور کامل متابولیزه نمی‌شوند و پس از دفع و حتی پس از تصفیه در تصفیه‌خانه‌ها به محیط‌زیست وارد شده و سبب آلودگی خاک، هوا، آب‌های سطحی و زیرزمینی و باعث صدمات فراوانی به اکوسیستم در معرض پساب، چه از نظر شیمیایی و چه میکروبی می‌گردد. در طول سال‌ها برای حذف این ترکیبات روش‌های فیزیکی، شیمیایی و بیولوژیکی مختلفی برای حذف آن‌ها بررسی گردیده است.
صنایع دارویی را می‌توان بر اساس فرآیندهای تولید محصول به 5 زیر گروه طبقه‌بندی نمود:
کارخانه‌های تخمیر
کارخانه‌های شیمیایی سنتز مواد آلی
کارخانه‌های شیمیایی سنتز یا تخمیر مواد آلی(عموماً کارخانه‌های بزرگ)
کارخانه‌های تولیدات بیولوژیکی(تولید واکسن، سرم، پادزهر، آنتی سرم، آنتی‌ژن، آنتی توکسین و ...)
کارخانه‌های مخلوط، فرموله‌کردن و آماده‌سازی دارو(قرص، کپسول، پماد، حلال و ...)
با توجه به تنوع تولید محصول در صنایع دارویی جریان‌هایی از مواد زائد با ویژگی‌ها و مقادیر متفاوت تولید می‌شوند، این جریان با توجه به هر کارخانه و حتی در فصول مختلف سال در همان کارخانه متفاوت است.
فاضلاب خروجی از کارخانه و آزمایشگاه‌های تولید فرآورده‌های بیولوژیکی حاوی آکسیژن مورد نیاز بیوشیمیایی و شیمیایی، جامدات کل، جامدات کلوئیدی، رنگ، سمیت بالا و همچنین بوی زننده است. نسبت اکسیژن مورد نیاز بیوشیمیایی به شیمیایی(BOD/COD) این نوع فاضلاب‌ها حدود 0.6-0.7 می‌باشد. معمولا بیش از 95 درصد از کل جامدات موجود در این فاضلاب‌ها را مواد فرار، بیوپلیمرهایی از قبیل چربی و پروتئین تشکیل می‌دهند که به آسانی قابل تجزیه بیولوژیکی هستند.
عمده روش‌های مورد استفاده در تصفیه فاضلاب صنایع دارویی تولید فرآورده‌های بیولوژیکی :
ابتدا بی‌خطر سازی با تنش دمایی(Kill tank)
تصفیه فیزیکوشیمایی(ازن زنی، انعقاد شیمیایی، اکسیداسیون فتو کاتالیستی، نانو فیلتراسیون، تابش الکترون، تعویض یون، التراسونیک، فتو فنتون و ترکیبی)
کنترل pH
تصفیه بیولوژیک
فیلتراسیون رزینی، شنی و کربن اکتیو
گندزدایی (محلول کلر یا ازن زنی)
سپس پساب حاصله جهت آبياري فضاي سبز، استفاده در کشاورزی، باز چرخش مجدد در مصارف داخلی و يا بر اساس استاندارد سازمان حفاظت محيط‌زيست برای تخلیه به آب‌های سطحی و یا شبکه فاضلاب شهری آماده خواهد شد.
در مقررات زیست محیطی ایجاب می‌کند که زباله‌های زیستی ناشی از ارگانیسم‌های اصلاح شده ژنتیکی یا میکروارگانیسم‌های عفونی باید قبل از تخلیه در سیستم‌های تصفیه پساب معمولی توسط فرآیندهای شیمیایی یا حرارتی غیرفعال شوند. سیستم غیرفعال سازی در این کارخانه بصورت حرارتی در حالت بچ کنترل طراحی شده است. ابتدا در kill tank فاضلاب مورد تنش دمایی(استریلیزاسیون با بخار) قرار گرفته و پس از همدمایی با محیط به متعادلساز دو بخشی تنظیم pH منتقل می‌گردد. در ادامه با استفاده از یک پکیج تصفیه فاضلاب بیولوژیکی با روش IFAS و روش اصلاح شده A2O ، همچنین زمانبندی مناسب در راکتور هوادهی پارامترهای مورد نظر تصفیه را به حداقل و استاندارد رسانیده و سپس استفاده از فیلتراسیون کامل و گند زدایی، پساب به سیستم شبکه فاضلاب شهری تخلیه خواهد شد.
* فرآیندهای تولیدی مورد استفاده در صنایع دارویی منجر به ایجاد فاضلاب‌هایی با سطح قابل توجهی از حلال‌ها و شوینده‌ها می‌گردد. استفاده از کیل تانک به عنوان یک استراتژی بسیار مهم کنترل فاضلاب در کارخانه‌های داروسازی می‌باشد.
* معمولاً پس از تصفیه بیولوژیک متداول مقادیر قابل توجهی از نیتروژن در پساب باقی می‌ماند. به همین دلیل از روش هوادهی گسترده و عمقی رشد چسبیده و روش اصلاح شده A2O جهت حذف نیتروژن و فسفر در پکیج تصفیه فاضلاب بیولوژیک استفاده شده است. درصورت عدم استفاده از این روش پساب در هنگام خروج از واحد خارج از استاندارد محیط زیست و همچنین در واحد گندزدایی با کلر مایع باعث تولید کلروآمین‌ها خواهد شد که برای سلامتی گونه‌های آبزی و مشکلات بهداشتی جدی دیگری را ایجاد می‌نماید.
* طراحی فرآیند تصفیه فاضلاب بر اساس استاندارد محیط زیست، تکرارپذیری، درصد اثر بخشی بالا، مصرف انرژی و مواد مصرفی پایین و سهولت در تصفیه بیولوژیکی انجام پذیرفته است.